Modern Eğitim Koleji'ne öğrenciler Anaokuluna ve İlkokul 1. Sınıfa PDR mülakatı ile alınır. İlkokul 2. sınıf ve Ortaokul sona kadar alımlar yazılı değerlendirme ve PDR mülakatı ile yapılmaktadır.
Modern Eğitim Koleji Ortaokulu'nu başarıyla tamamlayan öğrenciler puanlarına göre Modern Eğitim Koleji Anadolu veya Fen Lisesi'ne kayıt yaptırırlar. Diğer ortaokullardan mezun olan öğrenciler ile liselerde hazırlık sınıfı ya da 9-10. sınıflarda okuyan öğrenciler de, okul yönetimince hazırlanacak nakil sınavında başarılı oldukları takdirde, kontenjan dahilinde kabul edilirler.
Yurtdışından başvuru yapıldığı takdirde öğrencinin okulundan alınacak not çizelgesi ve MEB'dan alınacak denklik belgesi gerekmektedir.